1 dicembre 1997: i 25 componenti la direzione di Heri Batasuna vengono condannati a sette ed incarcerati dalla Audiencia Nacional per aver diffuso la Alternativa Democratica, una proposta di pace di ETA.
Successivamente il tribunale costituzionale decreterà fuori legge sia la condanna che gli arresti.

27 maggio 1998: dodici persone sono imprigionate in una operazione contro il supposto "complotto imprenditoriale" dell'ETA. Si adottano misure giudiziarie che includono la chiusura di varie imprese, tra le quali un'agenzia di viaggi e una impresa che di occupa di commerciare baccalà.
L'operazione coinvolge il coordinamento per la promozione dell'insegnamento della lingua basca e l'alfabetizzazione di adulti AEK.

15 luglio 1998: chiusura di quotidiano Egin e della radio Egin Irratia.
Arrestate 15 persone vincolate alla impresa editoriale Orain. Nel luglio del 2001 in una nuova ordinanza la maggioranza degli imputati passano dall'accusa di appartenenza all'ETA a quella di collaborazione.

16 marzo 1999: i componenti di Xaki, struttura delle relazioni internazionali del movimento indipendentista, vengono arrestate con l'accusa di terrorismo. Nella stessa "operazione" risulta desaparecido per mano dei paramilitari spagnoli il militante di ETA Joselu Geresta Mujika; il suo cadavere verrà ritrovato quattro giorni dopo.

29 gennaio 2000: otto persone appartenenti alla commissione esteri di Herri Batasuna vengono arrestate con l'accusa di appartenere al "ministero degli esteri" dell'ETA.

13 settembre 2000: operazione contro l'organizzazione politica Ekin insieme all'arresto di venti cittadini baschi con l'accusa di appartenere ad ETA.
Gli arrestati sono rappresentanti ufficiali di organizzazioni popolari e di base indipendentiste, consiglieri presenti nelle istituzioni comunali e provinciali, avvocati dei prigionieri. Durante le perquisizioni nelle sedi di Bilbao, Donostia ed Irunea la polizia ha sottratto anche un totale di due milioni di pesetas. Ekin è una delle correnti di HB-EH, legalmente registrata come organismo politico e presentata pubblicamente un anno fa con il programma "Indipendenza e socialismo".

5 ottobre 2000: retata contro organismi popolari come la Fondazione Joxemi Zumalabe, ABK e Bai Euskal Herriari. Arrestate nove persone appartenenti ad Ekin.

18 gennaio 2001: arrestato il giornalista basco Pepe Rei. Pepe Rei è il direttore del mensile basco "Ardi Beltza" (pecora nera), una rivista che si occupa di investigazioni giornalistiche ed autore di una biografia su Garzòn. Recentemente operato al cuore per l'applicazione di un by-pass, è ancora una volta accusato di far parte dell'organizzazione indipendentista armata ETA anche se in passato ha subito le stesse accuse, è stato arrestato, tenuto alcuni mesi in carcere senza processo e poi rilasciato senza alcun carico pendente ma con l'obbligo di pagare una pesante ed onerosa cauzione.

6 marzo 2001: quindici militanti del movimento giovanile indipendentista Haika sono arrestati, ai quali si aggiungerà il giorno dopo Asier Tapia, uno dei giovani che lessero il comunicato di denuncia degli arresti durante una conferenza stampa tenuta a Donostia.

31 ottobre 2001: la polizia spagnola arresta 12 componenti di Gestoras Pro-Amnistia/Amnistiaren Aldeko Batzordeak ed 1 di Senideak-Gureak, con l'accusa di "partecipazione e collaborazione a banda armata".
Contestualmente venivano bloccati tutti i conti di Gestoras. Alcuni giorni dopo la retata, lo stesso magistrato emette un'ordinanza che dichiara illecite le attività delle Gestoras pro-Amnistia.

8 marzo 2002: 12 persone sono arrestate in una operazione ordinata dal giudice Baltasar Garzòn contro l'organizzazione giovanile Segi.
29 aprile 2002: undici militanti della sinistra indipendentista basca sono arrestati per ordine del magistrato Baltasar Garzòn in una operazione che ha portato anche alla perquisizione di imprese cooperative ed "herriko taberna".

26 agosto 2002: il parlamento spagnolo approva a stragrande maggioranza una legge che avvia il procedimento di messa al bando di Batasuna, partito accusato di essere il braccio politico dei terroristi dell'Eta. Poche ore dopo e con sospetto tempismo il giudice Baltasar Garzòn dispone la sospensione per tre anni di ogni attività del partito, accusandolo di favoreggiamento del terrorismo. L'ordine del magistrato significa la chiusura di tutti gli uffici e le sedi del partito, anche quelle legate indirettamente all'organizzazione; il taglio di luce e acqua; il divieto di manifestazioni pubbliche e cortei, e il divieto di partecipare alle elezioni municipali del maggio 2003.

14 settembre 2002: nonostante il divieto di manifestare decine di migliaia di persone partecipano all'iniziativa "Gora Euskal Herria" (viva Euskal Herria). Il corteo pacifico viene caricato più volte dalla Ertzaintza (la polizia regionale) per ordine diretto del Ministero degli Interni spagnolo.

20 febbraio 2003: le forze di sicurezza di Madrid sotto ordine del magistrato Baltasar Garzòn chiudono Egunkaria, l'unico quotidiano in euskara, arrestandone il direttore e dieci redattori. Gli arrestati usciti dall'isolamento verranno trasportati in ospedale a causa dei maltrattamenti subiti dalla Guardia Civil. Nel giro di 24 ore la rimanente readazione del giornale riesce a far uscire un nuovo quotidiano nelle edicole, Egunero.

30 aprile 2003: otto rappresentanti di Udalbiltza (l'assemblea dei municipi baschi) vengono arrestati ed incarcerati da Madrid per ordine del magistrato Garzon che ritiene essere questa istituzione una emanazione di ETA.

6 maggio 2003: le 241 liste popolari municipali della sinistra abertzale per le amministrative e le liste dell'AuB (Autodeterminaziorako Bilgunea) per le provinciali in Araba, Bizkaia, Gipuzkoa e Nafarroa raccolgono tutte le firme necessarie ma vengono annullate dalle autorit… spagnole che così vogliono impedire alla sinistra indipendentista basca e ad una parte considerevole del popolo basco di esprimere liberamente il proprio voto.